Густая сеть дорог была создана в Эстонии еще при российском правлении в конце 19 в., а затем расширена в 20 в. В настоящее время 29,2 тыс. км автомобильных дорог имеют твердое покрытие. Число автомобилей в личном пользовании стремительно увеличивается: если в начале 1994 в Эстонии было 211 легковых автомашин на 1000 жителей, то в 1997 - 428 автомашин на 1000 жителей. Ширококолейная железнодорожная сеть имеет протяженность 1018 км (не считая путей, обеспечивающих специализированные производственные перевозки), из них электрифицированы лишь 132 км пути. В 2001 эстонские железные дороги были приватизированы местным и иностранным капиталом.
На территории Эстонии действует газопровод протяженностью более 400 км, связывающий комбинат по выработке сланцевого газа в Кохтла-Ярве с Таллином, Тарту и другими городами, а также с российской газопроводной сетью. В Эстонии развито круглогодичное морское сообщение. Основные порты страны: 6 портов в Таллине, в том числе новый грузовой порт Таллин-Мууга, Палдиски, Пярну, Хаапсалу и Кунда. Действует регулярное паромное сообщение с Хельсинки и Стокгольмом. Торговый флот Эстонии насчитывает 44 судна водоизмещением более 1000 брутто-регистровых тонн каждое (суммарное водоизмещение 253 460 брутто-регистровых тонн). Летом открывается навигация по Чудскому озеру и нижнему течению р.Эмайыги от устья до Тарту. В 2002 открывается сообщение по маршруту Тарту - Псков.
Развито как внутреннее, так и международное воздушное сообщение. Через аэропорт Таллина выполняются рейсы во многие европейские столицы и города СНГ.
